בוניפאצ'יו שוכנת בנקודה הכמעט הכי דרומית של קורסיקה. היא שוכנת על מצוק של סלע לבן, קירטוני, הצונח בתלילות ישר לתוך הים. היא חולשת על מפרץ בוניפצ'יו המפריד בינה לבין סרדיניה, אך גם על מפרץ בוניפאצ'יו החודר כפיורד לתוך היבשת ויוצר נמל מושלם ומוגן.
בסמוך לבוניפצ'יו ישנם כמה איונים המהווים חלק משמורה ימית, שהוכרזה כדי להגן על הדגה והצמחיה במיצרים מפני תנועה של ספינות הנושאות כימיקלים מסוכנים.








