הכנסייה המיוחדת הזו, אשר להבדיל מכל שאר האתרים שהזכרנו, נמצאת בחלקה התחתון של העיר, נחשבת לאחת החשובות. בקפלה בפנים הכנסייה, אשר שמה Porziuncola (עוד מזמן שהיתה כנסייה קטנה יותר), ישב סן פרנציסקו והתפלל, ובמקום זה על פי המסורת דיבר אליו ישוע הצלוב (אותו צלב מעץ שנמצא כיום בכנסיית סנטה קיארה) ואמר לו "לך, הצל את כנסייתי". מכאן, כך מאמינים, החלה שליחותו של סן פרנציסקו לגדול ולתפוס תאוצה. בקפלה זו , כך מאמינים גם נפטר סן פרנציסקו  ב- 3  באוקטובר 1226. הכנסייה הגדולה, המקיפה את הקפלה הקטנה, נבנתה בין המאות ה-16 ל-17  בהוראת האפיפיור פיוס ה-5.